SDN 003 Bontang Barat, meski memiliki nama yang menunjukkan keberadaannya di Kota Bontang, sebenarnya berdiri di wilayah Kabupaten Kutai Timur. Hal ini membuat sekolah ini tidak lagi memenuhi syarat untuk menerima bantuan dari Pemerintah Kota Bontang. Meskipun mayoritas warga sekitar masih menganggapnya sebagai bagian dari Bontang, namun secara hukum dan administrasi, posisi sekolah tersebut sudah jelas berada di Kutai Timur.
Kepala Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kota Bontang, Abdu Safa Muha, menegaskan bahwa pemerintah kota tidak dapat menyalurkan dana ke sekolah yang berada di luar wilayah administratifnya. Sejak tahun 2019, SDN 003 Bontang Barat sudah tidak lagi termasuk dalam APBD Kota Bontang karena adanya ketidaksesuaian antara wilayah dan penerima anggaran yang ditemukan oleh Badan Pemeriksa Keuangan.
Meskipun demikian, Disdikbud Bontang sedang mencari solusi agar kegiatan belajar-mengajar di sekolah tidak terganggu. Salah satu opsi yang dibahas adalah menggabungkan SDN 003 dengan SDN 004 Bontang Barat, yang masih berada di wilayah Kota Bontang. Langkah ini dianggap sebagai jalan tengah sementara menunggu kejelasan mengenai batas wilayah antara Bontang dan Kutai Timur.
Pemerintah juga sedang memastikan ulang peta lahan dan zonasi sekolah di kawasan Bontang Barat, dengan harapan dapat menemukan lahan yang dapat digunakan untuk relokasi sekolah tersebut. Tujuannya adalah agar anak-anak tetap dapat belajar dengan tenang tanpa terganggu oleh perubahan status wilayah administratif sekolah. Menjaga prioritas utama agar kegiatan belajar mengajar tetap berjalan lancar dan bermutu.
